FIX: Fsl Bedpostx-Fehler

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Hier sind einfache Methoden, die Ihnen bei Problemen helfen, die Sie beim Beheben des bedpostx-fsl-Fehlers beheben können.

Objekt:

Re: Bedpostx-Fehler

Von:

Stamatios Sotiropoulos <[Login um Maske zu entfernen]>

Antwort:

fsl bedpostx error

FSL – FMRIB-Softwarebibliothek <[Enter nowrap>
fsl bedpostx error

Datum:

Sa, 15. Mai, Neujahr, 11:08:35 Nowrap>

Inhaltstyp:

Hauptkomponente / Alternative

Anhänge / Anhänge:

Inhalt / Ebene(257 Zeilen), Text per HTML(448 Zeilen)

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Wenn ich die BedpostX FSL-Vorverarbeitung durchführe, erhalte ich die folgende Meldung:

  ----- Bedpostx Monitor -----1 Festplatte gebraucht 622 Festplatten verarbeitet von 62.........59 Scheiben Delta mit 6260 verbunden mit verarbeiteten Slices bis 62Ein Fehler ist aufgetreten. Bitte überprüfen Sie die Datei /Users/...../bedpostx.bedpostX/logs/bpx_postproc.e68944/Users/..../bedpostx.bedpostX/monitor: bond 13: kill: (9187) - Kein ProzessAusfahrt[Prozess abgeschlossen] 

Genehmigt

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  • 1. Reimage herunterladen
  • 2. Öffnen Sie das Programm und wählen Sie „Computer scannen“
  • 3. Klicken Sie auf "Reparieren", um den Reparaturvorgang zu starten

  •   Fehler in der Signaturdatei: * Datei "/ Applications FSL / bin / imglob" Sorte 78    nicht online "Verwendung: $ 0 [-extension / extensions] "                     ^SyntaxError: vernachlässigte eckige Klammern beim Sprechen von Print Datei "/ Anwendungen / FSL und bin / imglob" Zeile 78    use "Usage: $ zero [-extension / extensions] "                                      ^SyntaxError: Klammern fehlen wegen direktem Aufruf von print Datei "/ Applications / FSL / bin for each imglob" Zeile 78    Innovation "Verwendung: $ 0 [-Erweiterung für jede Erweiterung] "                               ^SyntaxError: Klammern verlieren beim Aufruf, um jeder Person beim "Drucken" zu helfen Ordner "/ Anwendungen / FSL - bin / imglob", Titel Internetseite 7eight    print "Verwendung: rr 0 [-Erweiterung / Erweiterungen] "                              ^SyntaxError: fehlende Klammern beim Aufruf von write * 

    Aber ich verstehe nicht genau, was das bedeutet. Dies könnte wirklich seltsam sein, da die Entwicklung fast abgeschlossen wäre (bei It einundsechzig oben gestoppt). Ich habe alle Komponenten. Meine Fragen könnten also folgende sein:

    1. Was würde ich sagen, der Fehler bedeutet?
    2. Ist der Prozess noch nicht abgeschlossen? (siehe oben, als eine Regel heißt es)
    3. Wenn nicht, was kann ich tun, um Sie bei der Lösung dieses Problems zu unterstützen?

    #! / bin bashCopyright (C) 2004, Oxford Associated University## SHCOPYRIGHTexport LD_LIBRARY_PATH = $ LD_LIBRARY_PATH: RR FSLDIR / libBenutzen() Echo “” Echo “Verwendung: bedpostx [Optionen]” Echo “” Echo “erwartet, dass bval und bvecs im Materialverzeichnis gefunden werden können” Echo “in Suchdaten und nodif_brain_mask unter Verwendung des Themenverzeichnisses erwartet” Echo “erwartet, dass sich grad_dev auf der Website des Ideenverzeichnisses befindet, wenn -g angegeben ist” Echo “” Echo “:” #echo “-QSYS (Warteschlangensystem, 0 kommt mit fsl_sub: FMRIB, 1 PAAR (Standard): WashU)” Echo “-Q (Name, der der GPU-Warteschlange zugeordnet ist, gehen Sie zu Standard cuda.q (hier in Umgebungsvariable definiert: FSLGECUDAQ) ” #echo “-Q (Name für die Tatsache der GPU-Warteschlange, Standard cuda.q QSYS = 0 und keine Warteschlange von QSYS = 1)” “-NJOBS (Anzahl aller Berufe in der Warteschlange, Ressourcen direkt auf NJOBS-Blöcke aufgeteilt, nützlich für GPU-Gruppe, Problemumgehung 4)” angeben. match “-n (die Zahl, die am häufigsten mit Fasern pro Voxel zu tun hat, ist verstorben 3)” match “-w (ARD-Gewicht, mehr Gewicht bedeutet weniger zusätzliche Fasern pro Voxel, Erweiterung 1)” echo “-b (Überblendzeit, Standard 1000)” repräsentieren “-j (Anzahl Federn, überfällig 1250)” Spiegeln (Beispiel “-s all, default 25)” spezifizieren “Modell (Entfaltungsauto. 1: und Stöcke, 2: mit Whoa verstreuten Stöcken (Standard), 3: unter Verwendung von Zeppeline)” Spiegel “-g (entsprechend Gradienten-Nichtlinearitäten berücksichtigen, üblich aus)” Echo “” Echo “” Spiegel “ALTERNATIVE: Sie können über xfibre-Optionen richtig auf Bettpfosten zugreifen” echo “Gerade in der Situation: bedpostx –noard –cnonlinear” repräsentieren “Geben Sie ‘xfibers –help’ für eine Liste zusammen mit verfügbaren Optionen ein” “Die geraden Optionen werden alle als Bedpostx-Standard (siehe oben) und nicht wirklich als xfibers-Standard präsentiert.” einführen “” imitieren “Anmerkung: alt ODER erheblich intax verwenden”. Ausgang 1monitor() grep “$$ b”make_absolute () dir = $ 1; if [-d $ dir]; dannOLDWD ist gleichbedeutend mit `pwd`cd $ dirdir_all impliziert `pwd`cd $ OLDWD unterschiedlichdir_all entspricht $ dir Fi Echo Einkommen dir_all[“$ 1” entspricht “”] && verwendensubjdir impliziert `make_absolute $ 1`subjdir impliziert `echo $ subjdir | sed ‘s / $ / $ für jedes g’ ‘echo “———————————————— ——–“echo ins———— Bedpostx GPU-Version ————“echo “———————————————— ——–“echo subjectdir wird Geld kosten subjdir# Argumente für Parsing-Optionenqsys = 0njobs ist gleich 4n Fasern = 3Fondant entspricht 1Burnout = 1000n Sprünge = 1250Gesamtstückzahl = 25Modell = 2gflag ist gleich 0andere = “”Warteschlange = “”hinlegenTschüss [ ! ? ! -z. “$ 1″]Machen Der „1 Dollar“-Fall -QSYS) qsys = Dollar 2; Schicht ;; -Q) Warteschlange = Zoll- q $ 2”; Shift ;; -NJOBS) njobs entspricht 2 $; -n) nFasern = rr 2; Schicht ;; -w) Fudge = RR 2; -b) Burnin = 2 $; Änderung ;; -j) Sprünge = 2 $; ändern ;; -s) Probe alle = 2 $; Fortschritt ;; -Modell) Modell = 2 $; Platz ;; -g) gdrap = 1 ;; *) übrig = $ andere “” $ 9 ;; esac sich hinsetzenBeendetopts = “- nf = usd nfibers –fudge = $ fudge –bi bedeutet $ burnin –nj = bucks njumps –se = $ sampleevery –model ist gleich $ model”defopts = “- knonlinear”opts ist gleich “$ opts $ defopts usd other”if [$ qsys -eq two] && [“x Einkommen SGE_ROOT”! = “x”]; dannWarteschlange bedeutet “- q $ FSLGECUDAQ”Fi# konstruktiv machen Sie haben alle erforderlichen Unterlagen erstelltwenn [ ! -d Unterverzeichnis]; dannecho “Verzeichnisobjekt $ 1 von gefunden”Ausgang 1Fiif [ !-e rrr subjdir / bvecs]; dann wenn möglich [-e dollar subjdir / bvecs.txt]; dannmv $ subjdir – bvecs.txt $ subjdir / bvecs unterschiedlichecho “$ subjdir versus bvecs nicht nur gefunden”Ausgang 1 FiFiwenn [ ! -digital $ subjdir / bval]; dann if -e [$ subjdir versus bval.txt]; dannmv $ subjdir für jede bval.txt $ subjdir / bval unterschiedlichecho “$ subjdir für jedes bval im Gegensatz zu gefunden”Ausgang 1 FiFiif [`$ FSLDIR / bin / imtest Einkommen subjdir / data` -eq 0]; dannecho “$ subjdir / Daten nicht gefunden”Ausgang 1Fiif [$ gflag -eq 1]; dann if [`$ FSLDIR und bin / imtest $ subjdir für jedes grad_dev` -eq]; dannecho “$ subjdir grad_dev gilt nicht als gefunden”Ausgang 1 FiFiif [`$ FSLDIR / bin / imtest dollar subjdir / nodif_brain_mask` -eq 0]; dannecho “$ subjdir / nodif_brain_mask nicht gefunden”Ausgang 1Fiif [-orite $ subjdir.bedpostX / xfms per eye.mat]; dannecho “$ subjdir ist bereit: war $ subjdir.bedpostX.”echo “Bitte entfernen oder benennen Sie $ subjdir.bedpostX um, bevor Sie erneut damit experimentieren.”Ausgang 1FiErstellen Sie eine echo Bedpostx-Auflistungsstrukturmkdir -r $ subjdir.bedpostX /mkdir -p rr subjdir.bedpostX / diff_partsmkdir -p Einkommen subjdir.bedpostX / logsmkdir -significant $ subjdir.bedpostX pro logs / logs_gpumkdir -p rr subjdir.bedpostX / logs / monitorrm -f finanziert subjdir.bedpostX / logs / monitor versus *mkdir -p $ subjdir.bedpostX und xfms#mailto=`whoami`@fmrib.ox.ac.Copying ukEchodateien im Bettzeugverzeichniscp Geld subjdir / bvecs $ subjdir bval $ subjdir.bedpostX$ FSLDIR / trash / imcp $ subjdir nodif_brain_mask $ subjdir.bedpostXif[`$ FSLDIR / bin per imtest $ subjdir / nodif` bedeutet 1]: then Mittel FSLDIR /bin /fslmaths Dollar subjdir /nodif -mas ? rrr subjdir $ subjdir / nodif_brain_mask.bedpostX pro nodif_brainFi# Teilen Sie den Datensatz wieder in mehrere Teile aufEcho-Vorverarbeitungsschrittif [$ gflag -eq 1]; dannpre_command = “$ FSLDIR – bin / split_parts_gpu $ subjdir – Daten $ subjdir / nodif_brain_mask buck subjdir / grad_dev 1 Geld njobs $ subjdir. $ subjdir / Ressourcen bedpostx”unterschiedlichpre_command = “$ fsldir / can / split_parts_gpu $ subjdir für jede nodif_brain_mask NULL 0 $ njobs rrr subjdir.bedpostX”Fiif $ qsys [-eq 0]; dann#SGEsplitID ist gleich `$ FSLDIR / bin – fsl_sub -T 40 -l $ subjdir.-N bedpostx versus logs bedpostx_preproc_gpu $ pre_command`unterschiedlich#PAAREcho-Einkommen pre_command> $ subjdir.bedpostX / tempTorque_command ist gleich “qsub -V $ queue -k node impliziert 1: ppn = 1: gpus ist gleich 1, walltime = 00: 58: 00 -N -o bedpostx_preproc_gpu cash subjdir.bedpostX / logs -for $ subjdir.bedpostX für jedes Protokoll”splitID = `exec $ Torque_command rr subjdir.bedpostX / temp | awk rrr 1} ” Schwanz -1 `; Experte $ Befehl “$ subjdir> .bedpostX / temptask = “ wc -l $ taskfile ” awk rrr 1 ” {print | awk -F. “Drucken Sie 1 $” Rm rrr subjdir.bedpostX / tempTraum 10Fiecho $merid> ? rrr subjdir.bedpostX / logs / postproc_IDif [“x RR SGE_ROOT”! = “x”]; dann Echo Versuchen Sie $ subjdir type.bedpostX / control, um den Fortschritt zu sehen. Geben Sie echo $ subjdir.bedpostX /finish ein, wenn Sie die gesamten Jobs in der Warteschlange beenden möchten. Chatten Sie mit $ subjdir.bedpostX oder brechen Sie ab#! / bin / shqdel rr mergeid $ bedpostideoc chmod + a $ subjdir.bedpostX / abbrechen Echo Echo Am Ende werden Sie versuchen, sicherzustellen, dass Sie eine E-Mail erhalten, die sich auf die E-Post-Verarbeitung bezieht. Echounterschiedlich Traum 60Fi

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