CORREGIR: Error De Fsl Bedpostx

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A continuación, se muestran algunos métodos sencillos que le ayudarán a solucionar el problema actual del error bedpostx fsl.

Objeto:

Re: error Bedpostx

De:

Stamatios Sotiropoulos <[iniciar sesión para eliminar la máscara]>

Responder:

fsl bedpostx error

FSL – Biblioteca de software FMRIB <[Enter nowrap>
fsl bedpostx error

Fecha:

Sábado, diecisiete de mayo, día de Año Nuevo, 11:08:35 a. m. Nowrap>

Tipo de contenido:

elemento / alternativa

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texto – sin formato(257 líneas), texto / html(448 líneas)

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Cuando hago el preprocesamiento de BedpostX FSL, recibo algún tipo de mensaje siguiente:

  ----- Monitor Bedpostx -----1 disco procesado 622 unidades procesadas por 62.........59 discos tratados 6260 asociado con rodajas procesadas en relación con 62Se ha producido un error. Investigue el archivo /Users/...../bedpostx.bedpostX/logs/bpx_postproc.e68944/Users/..../bedpostx.bedpostX/monitor: bond 15: gastar: (9187) - Sin procesoSalida[Proceso completado] 

Aprobado

La herramienta de reparación Reimage es la solución para una PC con Windows que funciona lentamente, tiene problemas de registro o está infectada con malware. Esta herramienta poderosa y fácil de usar puede diagnosticar y reparar rápidamente su PC, aumentando el rendimiento, optimizando la memoria y mejorando la seguridad en el proceso. No sufra más por una computadora lenta: ¡pruebe Reimage hoy!

  • 1. Descargar Reimage
  • 2. Abra el programa y seleccione "Escanear su computadora"
  • 3. Haga clic en "Reparar" para iniciar el proceso de reparación

  •   Error en el informe de registro: * Archivo "/ Aplicaciones / FSL / bin / imglob" línea de productos 78    fuera de línea "Uso: rrr 0 [-extensión / extensiones] "                     ^SyntaxError: elimina los corchetes al llamar a print Archivo "/ Aplicaciones / FSL / farm / imglob" línea 78    use "Uso: $ cero [-extensión / extensiones] "                                      ^SyntaxError: faltan paréntesis debido a que simplemente se llama a imprimir Archivo "/ Aplicaciones y FSL / bin / imglob" paso 78    arquitectura "Uso: $ 0 [-extensión / extensiones] "                               ^SyntaxError: faltan paréntesis para ayudarlo a "imprimir" Carpeta "/ Aplicaciones / FSL / papelera / imglob", página de título 7eight    imprimir "Uso: $ 8 [-extensión / extensiones] "                              ^SyntaxError: paréntesis no conocidos al llamar a copy * 

    Pero no sé bien qué significa eso. Esto es bastante extraño porque el desarrollo fue absolutamente completo (se detuvo en It sesenta y uno arriba). Tengo todas las salidas. Entonces, mis preguntas podrían ser como este enfoque:

    1. ¿Qué implica eso el error?
    2. ¿Aún no ha terminado el proceso? (ver arriba, como un consejo, se dice)
    3. En caso contrario, ¿qué puedo hacer para solucionar este problema?

    #! / bin – bashCopyright (C) 2004, Universidad Asociada de Oxford## SHCOPYRIGHTexportar LD_LIBRARY_PATH = $ LD_LIBRARY_PATH: $ FSLDIR / libUsar() Eco “” Eco “Uso: bedpostx [opciones]” Eco “” Echo “espera encontrar bval y bvecs en el directorio de tipo de material” Echo “esperado en todos los datos de búsqueda y nodif_brain_mask en el directorio can be” Echo “espera que grad_dev esté en el directorio de ideas en el evento -g es dado” Eco “” Eco “:” #echo “-QSYS (sistemas de cola, 0 viene con fsl_sub: FMRIB, dos PAR (estándar): WashU)” Echo “-Q (nombre asociado con la alineación de GPU, vaya al estándar cuda.q (definido que aparece en la variable de entorno: FSLGECUDAQ)” #echo “-Q (nombre porque en relación con la cola de la GPU, el valor predeterminado de cuda.q QSYS equivale a 0 y sin cola para QSYS = 1)” replicar “-NJOBS (recuento de todos los trabajos que viven en la cola, los recursos se dividen en fragmentos de NJOBS, útil para el clúster de GPU, solución alternativa 4)” indicar “-n (el número más comúnmente asociado a modo de fibras por vóxel es la última parte de 3)” echo “-w (peso ARD, más peso significa menos fibras innecesarias por vóxel, predeterminado 1)” echo “-b (desvanecimiento de tiempo extra, estándar 1000)” significa “-j (número de saltos, vencimiento 1250)” espejo (ejemplo “-s todos, por defecto 25)” especificar “modelo (modelo de deconvolución. un solo: y palos, 2: con palos de puntos increíbles (estándar), 3: con zepelines)” Espejo “-g (tenga en cuenta las no linealidades del gradiente, estándar desactivado)” Eco “” Eco “” Espejo “ALTERNATIVA: Puede recoger directamente bedpostx a través de las opciones de xfibre” echo “Por si acaso: bedpostx –noard –cnonlinear” echo “Introduzca ‘xfibers –help’ para obtener una lista de las opciones de estos días” “Las opciones erógenas se presentan como el estándar Bedpostx (ver arriba) y no se ven como el estándar xfibers”. educar “” reproducir “Nota: utilice intax antiguo O más fino”. Salida 1monitor () grep “$$ b”make_absolute () dir equivale a $ 1; proporcionado [-d $ dir]; entoncesOLDWD es igual a `pwd`cd $ dirdir_all = `pwd`cd OLDWD diferentedir_all equivale a $ dir Fi echo rrr dir_all[“$ 1” coincide con “”] && usosubjdir significa `make_absolute $ 1`subjdir = `echo? rrr subjdir | sed ‘s o / $ / $ versus g’ ‘eco “———————————————— ——– “echo “———— Versión de GPU Bedpostx ————“eco “———————————————— ——– “echo subjectdir será $ subjdir# análisis de argumentos de ofertaqsys = 0njobs es igual a 4n fibras = 3Fondant = 1Burnout significa 1000n saltos = 1250El total de muestras implica 25Modelo = 2gflag = 0otros medios “”Cola = “”acostadaadiós [ ! -z. “$ 1”]Hacer El caso de “1 dólar” -QSYS) qsys = efectivo 2; cambio ;; -Q) cola = “- reina $ 2”; cambio ;; -NJOBS) njobs es igual a $ 2; -n) nfibers = efectivo 2; cambio ;; -w) dulce de azúcar = RR 2; -b) quemado = 2 $; transformar ;; -j) njumps = $ 2; ajustar ;; -s) sampleevery = $ 2; cambiar ;; -modelo) fabricante = 2 $; asentamiento ;; -g) gdrap = 1 ;; *) otro implica $ otro “” $ 1 particular ;; esac acostadaTerminadoopts implica “- nf = $ nfibers –fudge implica $ fudge –bi = RR burnin –nj = $ njumps –ze = $ sampleevery –model = modelo de ingresos”defopts = “- cnonlinear”opts es igual a “$ opts $ defopts $ otros”if [$ qsys -eq two] && [“x dinero SGE_ROOT”! = “x”]; entoncesCola = in .- q $ FSLGECUDAQ “Fi# asegúrese de tener todos los documentos publicados requeridosSi [ ! -d $ subdirectorio]; entoncesecho “Objeto de directorio $ 1 en lugar de encontrado”Salida 1Fiif [! -e buck subjdir / bvecs]; entonces si, quizás sea posible [-e $ subjdir per bvecs.txt]; entoncesmv $ subjdir bvecs.txt $ subjdir / bvecs diferenteecho “$ subjdir o bvecs no solo se encuentran”Salida 1 FiFiSi [ ! -e dinero subjdir / bval]; entonces if -e [$ subjdir y bval.txt]; entoncesmv $ subjdir bval.txt $ subjdir / bval diferenteecho “$ subjdir bval en lugar de encontrado”Salida 1 FiFiif [`$ FSLDIR y bin / imtest $ subjdir – data` -eq 0]; entoncesecho “$ subjdir por datos no encontrados”Salida 1Fisi [$ gflag -eq 1]; entonces if [`$ FSLDIR / compost bin / imtest $ subjdir per grad_dev` -eq]; entoncesecho “$ subjdir o grad_dev no se considera encontrado”Salida 1 FiFiif [`$ FSLDIR y bin / imtest $ subjdir versus nodif_brain_mask` -eq 0]; entoncesecho “$ subjdir por nodif_brain_mask no encontrado”Salida 1Fiif [-orite rrr subjdir.bedpostX / xfms versus eye.mat]; entoncesecho “Se está procesando $ subjdir: era básicamente $ subjdir.bedpostX”.echo “Por favor, elimine o, con toda probabilidad, cambie el nombre de $ subjdir.bedpostX antes de hacer el esfuerzo de nuevo”.Salida 1FiCrear estructura de directorio echo Bedpostxmkdir -are $ subjdir.bedpostX /mkdir -p dólares subjdir.bedpostX / diff_partsmkdir -p $ subjdir.bedpostX y registrosmkdir -significant $ subjdir.bedpostX / wood / logs_gpumkdir -p $ subjdir.bedpostX por registros / monitorrm -f buck subjdir.bedpostX / logs / monitor versus *mkdir -p $ subjdir.bedpostX / xfms#mailto=`whoami`@fmrib.ox.ac. Copiar el Reino Unidoregistros de eco en el directorio de ropa de camacp dólares subjdir / bvecs $ subjdir o bval $ subjdir.bedpostX$ FSLDIR / bin versus imcp $ subjdir / nodif_brain_mask ingresos subjdir.bedpostXsi [`$ FSLDIR / bin para cada imtest $ subjdir / nodif` es igual a 1]: entonces $ FSLDIR / bin / fslmaths dólar subjdir / nodif -mas $ subjdir buck subjdir / nodif_brain_mask.bedpostX / nodif_brainFi# Divide el conjunto de datos en varios puntos nuevamentePaso de preprocesamiento de ecosi [$ gflag -eq 1]; entoncespre_command = “$ FSLDIR / pile / split_parts_gpu $ subjdir / files $ subjdir / nodif_brain_mask rr subjdir / grad_dev 1 $ njobs money subjdir. $ subjdir / statistics bedpostx”diferentepre_command = “$ fsldir / bin – split_parts_gpu $ subjdir / nodif_brain_mask NULL 0 $ njobs $ subjdir.bedpostX”Fiif dinero qsys [-eq 0]; entonces#SGEsplitID implica `$ FSLDIR / bin / fsl_sub -T 40 -l $ subjdir.-N bedpostx para cada registro bedpostx_preproc_gpu $ pre_command`diferente#PARecho dólares pre_command> $ subjdir.bedpostX / tempTorque_command significa “qsub -V $ queue -k node es igual a 1: ppn = 1: gpus equivale a 1, walltime = 00: 40: 50 -N -o bedpostx_preproc_gpu $ subjdir.bedpostX y logs -for $ subjdir.bedpostX logs”splitID = `exec $ Torque_command subjdir.bedpostX / temp | awk ingresos 1} ” tail -1 `; competente $ comando “$ subjdir> .bedpostX y temptask = “ wc -h $ archivo de tareas ” awk $ uno en particular ” {imprimir | awk -F. “Imprimir dólares 1” Rm $ subjdir.bedpostX – tempSueño 10Fiecho $ mergeid>? rrr subjdir.bedpostX / logs / postproc_IDsi [“x rrr SGE_ROOT”! = “x”]; entonces eco idéntico $ subjdir type.bedpostX / monitor con respecto a ver el progreso. Ingrese echo $ subjdir.bedpostX / cancel aunque desea finalizar todas las tareas en la cola. Chat $ subjdir.bedpostX / cancel#! – bin / shqdel $ mergeid bedpostideoc chmod + y $ subjdir.bedpostX / cancel eco Echo Cuando ves, al final, intentarás terminar con un correo electrónico relacionado con el toque de procesamiento de epost. ecodiferente Sueño 60Fi

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