FIX : Erreur Fsl Bedpostx

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Objet :

Re : Erreur Bedpostx

De :

Stamatios Sotiropoulos <[connectez-vous pour retirer le masque]>

Réponse :

fsl bedpostx error

FSL – Bibliothèque de logiciels FMRIB <[Enter nowrap>
fsl bedpostx error

Date :

Samedi 15 mai, Jour de l’An, 11:08:35 Nowrap>

Type de contenu :

alternative constitutive

Pièces jointes / Pièces jointes :

Pièces jointes / Pièces jointes

texte brut(257 lignes), texte / html(448 lignes)

Début de principe | Page précédente | Lien à sens unique constant

Lorsque je fais le prétraitement BedpostX FSL, j’obtiens le message suivant :

  ----- Moniteur Bedpostx -----1 disque traité 622 disques sophistiqués par 62.........59 disques traités 6260 accompagnant avec des tranches transformées sur 62Une erreur est survenue. Veuillez vérifier votre fichier /Users/...../bedpostx.bedpostX/logs/bpx_postproc.e68944/Users/..../bedpostx.bedpostX/monitor : bond 15 : kill : (9187) 1 Pas de processussortir[Processus terminé] 

Approuvé

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  • 1. Télécharger Reimage
  • 2. Ouvrez le programme et sélectionnez "Analyser votre ordinateur"
  • 3. Cliquez sur "Réparer" pour lancer le processus de réparation

  •   Erreur dans le fichier journal : ( espace ) Fichier "/ Applications / FSL bin / imglob" ligne 78    hors ligne "Utilisation : 4 $ [-extension / extensions] "                     ^SyntaxError : crochets rectangulaires manquants lors de l'appel à print Fichier "/Applications/FSL/bin imglob" ligne 78    commencez à utiliser "Usage : $ 0 [-extension versus extensions] "                                      ^SyntaxError : parenthèses manquantes en raison de l'appel qui s'imprimera Fichier "/Applications/FSL/bin/imglob" regroupement 78    design "Usage: bucks 0 [-extension / extensions] "                               ^SyntaxError : parenthèses manquantes dans la connexion avec pour vous aider à "imprimer" Dossier "/Applications/FSL/bin imglob", page de titre 7huit    print "Utilisation : $ naught [-extension / extensions] "                              ^SyntaxError : parenthèses perdues lors de l'appel de print * 

    Mais je ne sais pas exactement alors ce que cela signifie. C’est vraiment étrange car le développement était presque passé (arrêté à It 61 ci-dessus). J’ai toutes les sorties. Donc mes questions personnelles pourraient être comme ceci :

    1. Que signifie l’erreur ?
    2. Le processus n’est-il pas encore terminé ? (voir ci-dessus, en règle générale, l’application est dite)
    3. Si non, comment puis-je faire pour résoudre ce problème important ?

    # ! / poubelle / bashCopyright (C) 2004, Oxford Associated University## SHCOPYRIGHTexport LD_LIBRARY_PATH = $ LD_LIBRARY_PATH : $ FSLDIR pour chaque libUtiliser() Écho “” Echo “Utilisation : bedpostx [options]” Écho “” Echo “s’attend à retrouver bval et bvecs dans le répertoire de contenu” Echo “attendu dans les données de crawl et nodif_brain_mask dans le répertoire focus” Echo “s’attend à ce que grad_dev soit dans le répertoire des idées si -d est donné” Écho “” Echo “ :” #echo “-QSYS (système de file d’attente, nil est fourni avec fsl_sub : FMRIB, 1 PAIR (standard) : WashU)” Echo “-Q (nom associé à la file d’attente GPU, regardez le cuda.q standard (défini dans la variable d’atmosphère terrestre : FSLGECUDAQ)” #echo “-Q (nom en raison de la file d’attente GPU, cuda.q par défaut QSYS = 1 et aucune file d’attente pour QSYS n’est égal à 1)” match “-NJOBS (nombre de tous les travaux dans une file d’attente, ressources divisées en parties NJOBS, utile pour le cluster GPU, solution de contournement 4)” echo “-n (le lot le plus souvent associé aux muscles par voxel est la fin 3)” echo “-w (poids corporel ARD, plus de poids signifie moins d’agrafes supplémentaires par voxel, valeur par défaut 1)” echo “-b (point de fondu sur le point, standard 1000)” se battre pour “-j (nombre de sauts, partie postérieure du 1250)” echo (exemple “-s all, par défaut 25)” s’est attribué un buget “modèle (modèle de déconvolution. 1 : et donc bâtons, 2 : avec incroyable bâton dispersé (standard), 3 : avec zeppelins)” Miroir “-g (prendre dans l’historique les non-linéarités du gradient, standard désactivé)” Écho “” Écho “” Miroir “ALTERNATIVE : Vous pouvez vous connecter directement à bedpostx via les options xfibre” mirror “Juste au cas où : bedpostx –noard –cnonlinear” echo “Entrez ‘xfibers –help’ comme pour une liste d’options autour” “Les modèles standard sont présentés comme le Bedpostx regular (voir ci-dessus) et non comme d’habitude le standard xfibers.” apporter “” effectuez à plusieurs reprises “Remarque : utilisez l’ancien OU le meilleur intax ». Sortie 1monitor () grep “$$ b”make_absolute () dir équivaut à 1 $; en supposant que [-d $ dir] ; ensuiteOLDWD est égal à “pwd”cd $ dirdir_all = `pwd`cd $ OLDWD différentdir_all = dir Fi echo $ dir_all[“$ 1” va avec “”] && utilisersubjdir signifie `make_absolute $ 1`subjdir = `echo subjdir | sed ‘s / pour chaque $ / $ / g’ ‘écho “———————————————— ——– “echo “———— Version GPU Bedpostx ————“écho “———————————————— ——– “echo subjectdir sera certainement $ subjdir# analyse des arguments d’assortimentqsys = 0njobs = 4n teneur en fibres = 3Fondant = 1L’épuisement est égal à 1000n sauts = 1250Le total des échantillons équivaut à 25Modèle = 2gdrapeau = 0autre égal “”File d’attente = “”allongéau revoir [ ! -onces. “1 $”]Faire L’affaire “1 dollar” -QSYS) qsys = 2 $ ; ajustement ;; -Q) file d’attente = “- q dollars 2” ; changement ;; -NJOBS) nemplois = 2 ; -n) nfibres = 2 $ ; transition ;; -w) fudge = 2 $; -b) burnin signifie 2 $; changement ;; -j) njumps implique 2 $ ; changement ;; -s) sampleevery signifie 2 $; changement ;; -modèle) structure = 2 $ ; autorisation ;; -g) gdrap est égal à 1 ;; *) autre = buck autre “” 1 $ ;; esac allongéFiniopts = pouces- nf = $ nfibers –fudge est égal à $ fudge –bi = dollar burnin –nj = $ njumps –se est égal à $ sampleevery –model = rrr model”defopts = “- cnonlinear”opts = “$ décide $ écarte $ autre”if [$ qsys -eq deux] && [“x $ SGE_ROOT” ! = “x”] ; ensuiteFile d’attente = “- w $ FSLGECUDAQ”Fi# assurez-vous d’avoir tous les documents écrits requisif [ : -d $ subjdir]; ensuiteecho “Pièce de répertoire 1 $ à la place trouvée”Sortie 1Fiif [ !-e $ subjdir versus bvecs]; ensuite chaque fois que possible [-e $ subjdir par bvecs.txt] ; ensuitemv $ subjdir / bvecs.txt rrr subjdir / bvecs différentecho “$ subjdir / bvecs non seulement trouvé”Sortie 1 FiFisi [ ! -e argent subjdir / bval]; ensuite tout comme -e [$ subjdir pour chaque bval.txt] ; ensuitemv $ subjdir / bval.txt subjdir / bval différentecho “$ subjdir / bval simplement parce qu’opposé à trouvé”Sortie 1 FiFiif [`$ FSLDIR / conteneur / imtest $ subjdir par données` -eq 0] ; ensuiteecho “$ subjdir et données introuvables”Sortie 1Fisi [$ gflag -eq 1] ; ensuite incase [`$ FSLDIR / bin pour chaque imtest $ subjdir / grad_dev` -eq] ; ensuiteecho “$ subjdir / grad_dev est souvent considéré comme introuvable”Sortie 1 FiFiif [`$ FSLDIR / farm / imtest $ subjdir pour chaque nodif_brain_mask` -eq 0] ; ensuiteecho “$ subjdir contre nodif_brain_mask introuvable”Sortie 1Fisi [-orite ? rrr subjdir.bedpostX / xfms / eye.mat]; ensuiteecho “$ subjdir en cours de traitement : était dollar subjdir.bedpostX.”echo “Veuillez supprimer ou éventuellement renommer $ subjdir.bedpostX avant de réessayer.”Sortie 1FiCréer une structure de répertoire miroir Bedpostxmkdir -r ? rrr subjdir.bedpostX /mkdir -p $ subjdir.bedpostX – diff_partsmkdir -p $ subjdir.bedpostX – journauxmkdir -significant $ subjdir.bedpostX / logs et logs_gpumkdir -p $ subjdir.bedpostX / enregistrements d’activité / moniteurrm -f $ subjdir.bedpostX pour chaque logs / monitor / *mkdir -g $ subjdir.bedpostX / xfms#mailto=`whoami`@fmrib.ox.ac.Copying ukfaire écho aux fichiers informatiques dans le répertoire de literiecp $ subjdir ou bvecs $ subjdir / bval dollar subjdir.bedpostX$ FSLDIR / bin pour chaque imcp $ subjdir / nodif_brain_mask rr subjdir.bedpostXif[`$ FSLDIR / bin / imtest revenu subjdir / nodif` = 1] : alors $ FSLDIR par bin / fslmaths $ subjdir nodif -mas $ subjdir rrr subjdir / nodif_brain_mask.bedpostX / nodif_brainFi# Divisez à nouveau l’ensemble de données en plusieurs partiesÉtape de prétraitement de l’échosi [$ gflag -eq 1] ; ensuitepre_command est égal à “$ FSLDIR / bin pour chaque split_parts_gpu $ subjdir / data rrr subjdir / nodif_brain_mask $ subjdir et grad_dev 1 $ njobs rrr subjdir. $ subjdir / data bedpostx”différentpre_command est égal à “$ fsldir / bin split_parts_gpu $ subjdir / nodif_brain_mask NULL 4 $ njobs $ subjdir.bedpostX”Fisi rrr qsys [-eq 0] ; ensuite#SGEsplitID = `$ FSLDIR / bin / fsl_sub -T 43 -l $ subjdir.-N bedpostx / données bedpostx_preproc_gpu $ pre_command`différent#PAIREecho $ pre_command> ? rrr subjdir.bedpostX / tempTorque_command = “qsub -V $ queue -k node = two : ppn = 1 : gpus = 7, walltime = 00 : 40 : 00 -N -o bedpostx_preproc_gpu $ subjdir.bedpostX / firewood -for $ subjdir.bedpostX / logs”splitID signifie `exec $ Torque_command $ subjdir.bedpostX – temp | awk $ 1} ” trail -1 `; guru $ command “$ subjdir> .bedpostX pour chaque temptask = “ wc -l buck taskfile ” awk $ 3 ” {print | awk -F. “Imprimer le dollar 1” Rm $ subjdir.bedpostX ou tempRêve 10Fiecho $ mergeid> $ subjdir.bedpostX par logs / postproc_IDsi [“x $ SGE_ROOT” ! = “x”] ; ensuite écho répliquez rr subjdir type.bedpostX / monitor pour visiter les progrès. Entrez mirror $ subjdir.bedpostX / cancel si votre site souhaite mettre fin à tous les travaux dans le cadre de la file d’attente. Chat $ subjdir.bedpostX / annuler# ! / plateau / shqdel $ mergeid rr bedpostideoc chmod + x cash subjdir.bedpostX / annuler écho Echo À l’arrêt, vous essaierez de recevoir de très bons e-mails liés au robinet de post-traitement. échodifférent Rêve 60Fi

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