CORREÇÃO: Erro Fsl Bedpostx

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Aqui estão provavelmente alguns métodos simples para ajudar sua organização a corrigir o problema de erros crassos do bedpostx fsl.

Objeto:

Re: Erro Bedpostx

De:

Stamatios Sotiropoulos <[faça login para limpar a máscara]>

Responder:

fsl bedpostx error

FSL – Biblioteca de software FMRIB <[Enter nowrap>
fsl bedpostx error

Data:

Sáb, 15 de maio, dia de ano novo, 11:08:35 Nowrap>

Tipo de conteúdo:

constituinte / alternativa

Anexos / Anexos:

escrita / simples(257 linhas), texto por html(448 linhas)

Início da mensagem | World-wide-web anterior | Link constante

Quando eu faço o pré-processamento de BedpostX FSL, recebo a seguinte mensagem:

  ----- Monitor Bedpostx -----1 disco manipulado 622 discos processados ​​por 62.........59 vértebras processadas 6260 associados a peças processadas de 62Um erro foi retido. Verifique o arquivo /Users/...../bedpostx.bedpostX/logs/bpx_postproc.e68944/Users/..../bedpostx.bedpostX/monitor: relacionamento 15: matar: (9187) - Sem processosaída[Processo completo] 

Aprovado

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  • 1. Baixar Reimage
  • 2. Abra o programa e selecione "Verificar seu computador"
  • 3. Clique em "Reparar" para iniciar o processo de reparo

  •   Erro quando se trata do arquivo de log: * File "/ Applications / FSL / bin imglob" linha 78    tradicionalmente "Uso: $ 0 [extensões de extensão] "                     ^SyntaxError: faltam colchetes ao entrar em contato com você para imprimir Arquivo "/ Applications / FSL / bin / imglob" linha de pesca 78    use "Uso:? rrr 0 [-extensão / extensões] "                                      ^SyntaxError: parênteses ausentes simplesmente porque chamar para imprimir Arquivo "/ Applications / FSL / bin imglob" linha 78    estrutura "Uso: $ 0 [-extensão e extensões] "                               ^SyntaxError: parênteses foram chamados para ajudá-lo a realmente "imprimir" Pasta "/ Aplicativos / FSL / bin / imglob", formulário de título 7eight    produzindo "Uso: $ 0 [-extensão / extensões] "                              ^SyntaxError: faltam parênteses ao telefonar para imprimir * 

    Mas não posso saber exatamente o que isso significa. Isso é muito estranho porque o crescimento estava quase completo (parou em It 61 acima). Eu tenho todas as saídas normalmente. Então, minhas perguntas podem ser um pouco mais assim:

    1. O que significa o erro?
    2. O procedimento ainda não foi concluído? (veja acima, por meio de uma regra, é dito)
    3. Se não, o que posso fazer regularmente para resolver esse problema?

    #! / pilha / bashCopyright (C) 2004, Oxford Associated University## SHCOPYRIGHTexportar LD_LIBRARY_PATH = $ LD_LIBRARY_PATH: $ FSLDIR / libUsar() Eco “” Eco “Uso: bedpostx [opções]” Eco “” Echo “espera encontrar bval e bvecs apenas no diretório de material” Echo “esperado nos dados de pesquisa ou nodif_brain_mask no diretório do tópico” Echo “espera que grad_dev esteja no diretório de designs se -g for fornecido” Eco “” Eco “:” #echo “-QSYS (sistema de filas, 0 vem por meio de fsl_sub: FMRIB, 1 PAIR (padrão): WashU)” Echo “-Q (nome associado com a ajuda da fila GPU, vá para cuda.q geral (definido na variável de ambiente: FSLGECUDAQ)” #echo “-Q (nome graças ao fato de fila GPU, ir delinquente cuda.q QSYS = 0 e nenhuma linha para QSYS = 1)” echo “-NJOBS (contagem de praticamente todos os trabalhos na fila, recursos separados em blocos NJOBS, útil para cluster de GPU, solução alternativa 4)” revelar “-n (o número mais às vezes associado a fibras por voxel realmente tardio 3)” corresponder “-w (peso ARD, mais peso geralmente menos fibras extras por voxel, tradicional 1)” representam “-b (desvanece-se ao longo do tempo, padrão 1000)” representam “-j (número relativo aos saltos, vencido 1250)” espelho (exemplo “-s all, implicação 25)” especifique “modelo (modelo de deconvolução. 1: e varas, 2: que inclui varas espalhadas incríveis (padrão), 3: junto com zepelins)” Espelho “-g (leve em consideração as não linearidades do gradiente, mesmo desativado)” Eco “” Eco “” Espelho “ALTERNATIVA: Você deve acessar diretamente o bedpostx via opções xfibre” echo “Como parte do caso: bedpostx –noard –cnonlinear” mirror “Digite ‘xfibers –help’ para uma lista de discussão com as opções disponíveis” “As opções padrão são apresentadas considerando que o padrão Bedpostx (veja acima), embora não seja o padrão xfibers.” introduzir “” replicar “Nota: use imposto antigo OU melhor”. Saída 1monitor () grep “$$ b”make_absolute () dir = $ 1; if [-d rrr dir]; entãoOLDWD = `pwd`cd $ dirdir_all é igual a `pwd`cd $ OLDWD diferentedir_all = $ dir Fi mostrar $ dir_all[“$ 1” corresponde a “”] e usasubjdir = `make_absolute $ 1`subjdir é igual a `echo $ subjdir | sed passa a ser / / $ /? rrr / g ”echo “———————————————— ——– “echo “———— Versão da GPU Bedpostx ————“echo com ———————————————— ——– “echo subjectdir será fundos subjdir# argumentos de opção de análiseqsys é igual a 0njobs = 4n fibras = 3Fondant implica 1Burnout = 1000n saltos é igual a 1250Amostras totais = 25Model = 2gflag é igual a 0outro = “”Fila = “”deitadotchau [ ! -z. “$ 1”]Fazer A caixa de “1 dólar” -QSYS) qsys é igual a $ 2; mudança ;; -Q) fila implica “- q $ 2”; avançar ;; -NJOBS) njobs = $ 2; -n) nfibras significa $ 2; mudança ;; -w) fudge significa $ 2; -b) queima = ii $; mudança ;; -j) njumps = dólar 2; mudança ;; -s) amostra cada = rr 2; mudança ;; -modelo) modelo = segundo $; liberação ;; -g) gdrap = ;; *) segundo = $ outro “” rrr 1 ;; esac estar para baixoFinalizadoopts = “- nf = RR nfibras –fudge = $ fudge –bisexual = $ burnin –nj = bucks njumps –se = $ sampleevery –plan = $ model”defopts = “- cnonlinear”opts significa “$ opts $ defopts? rrr outro”if [$ qsys -eq two] && [“x $ SGE_ROOT”! = “x”]; entãoFila é igual a “- q $ FSLGECUDAQ”Fi# articulação glenoumeral, certifique-se de ter todos os documentos escritos envolvidosE se [ ! -d subjdir]; entãoecho “Objeto de diretório $ um particular em vez de encontrado”Saída 1Fiif [! -elétrico $ subjdir / bvecs]; então se possível [-e dollar subjdir / bvecs.txt]; entãomv rrr subjdir / bvecs.txt $ subjdir para cada bvecs diferenteecho “$ subjdir por bvecs não apenas encontrado”Saída 1 FiFiE se [ ! -e $ subjdir / bval]; então if -e [$ subjdir / bval.txt]; entãomv income subjdir / bval.txt $ subjdir e bval diferenteecho “$ subjdir – bval em oposição a found”Saída 1 FiFiif [`$ FSLDIR / bin / imtest dollar subjdir / data` -eq 0]; entãoecho “$ subjdir / data certamente encontrado”Saída 1Fiif [$ gflag -eq 1]; então if [`$ FSLDIR / bin / imtest cash subjdir / grad_dev` -eq]; entãoecho “$ subjdir ou grad_dev não é considerado encontrado”Saída 1 FiFiif [`$ FSLDIR / bin / imtest rr subjdir / nodif_brain_mask` -eq 0]; entãoecho “$ subjdir / nodif_brain_mask e nunca encontrado”Saída 1Fiif [-orite $ subjdir.bedpostX – xfms / eye.mat]; entãoecho “$ subjdir simplesmente sendo processado: era $ subjdir.bedpostX.”echo “Por favor, deprecie ou possivelmente renomeie $ subjdir.bedpostX e antes de tentar novamente.”Saída 1FiCrie a estrutura do site de envio da echo Bedpostxmkdir -r $ subjdir.bedpostX /mkdir -y $ subjdir.bedpostX / diff_partsmkdir -p rrr subjdir.bedpostX / logsmkdir -significant buck subjdir.bedpostX / logs / logs_gpumkdir -p rrr subjdir.bedpostX / logs / monitorrm -ver $ subjdir.bedpostX / logs / manter controle de / *mkdir -p $ subjdir.bedpostX para cada xfms#mailto=`whoami`@fmrib.ox.ac.Copying ukecho files in home bedding directorycp $ subjdir / bvecs dollars subjdir / bval $ subjdir.bedpostX$ FSLDIR para cada bin / imcp $ subjdir para cada nodif_brain_mask $ subjdir.bedpostXif [`$ FSLDIR / tray / imtest $ subjdir para cada nodif` = 1]: então dólar FSLDIR / bin para cada fslmaths $ subjdir / nodif -mas rr subjdir $ subjdir / nodif_brain_mask.bedpostX – nodif_brainFi# Divida o conjunto de dados em um bom número de partes novamenteEtapa de pré-processamento do ecoif [$ gflag -eq 1]; entãopre_command = “$ FSLDIR / bin / split_parts_gpu? rrr subjdir / data $ subjdir – nodif_brain_mask $ subjdir / grad_dev 1 buck njobs $ subjdir. $ subjdir data bedpostx”diferentepre_command = “$ fsldir – bin / split_parts_gpu $ subjdir versus nodif_brain_mask NULL 0 $ njobs money subjdir.bedpostX”Fiif $ qsys [-eq 0]; então#SGEsplitID equivale a `$ FSLDIR / bin e fsl_sub -T 40 -l rrr subjdir.-N bedpostx / logs bedpostx_preproc_gpu dollar pre_command`diferente#PARecho $ pre_command> $ subjdir.bedpostX tempTorque_command = “qsub -V $ queue -t node = 1: ppn = 1 particular: gpus = 1, walltime = double zero: 40: 00 -N -o bedpostx_preproc_gpu renda subjdir.bedpostX / logs -para RR subjdir.bedpostX / logs “splitID = `exec $ Torque_command $ subjdir.bedpostX / temp | awk dollar 1} ” tail -1 `; profissional $ get “$ subjdir> .bedpostX / temptask é igual a “ wc -l $ taskfile ” awk 1 ” {print | awk -F. “Imprimir $ 1” Rm income subjdir.bedpostX / tempDream 10Fiecho cash mergeid> $ subjdir.bedpostX / logs ou postproc_IDif [“x $ SGE_ROOT”! = “x”]; então eco replique $ subjdir type.bedpostX e monitore para ver o progresso. Digite echo $ subjdir.bedpostX – cancele se quiser resultar em todos os trabalhos na fila. Bate-papo $ subjdir.bedpostX por cancelamento#! / bin / shqdel rr mergeid $ bedpostideoc chmod + x $ subjdir.bedpostX – cancelar eco Echo No final, você buscará receber um e-mail relacionado para ajudá-lo com o toque de pós-processamento. ecodiferente Dream 60Fi

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